Publications
Sep. 15, 2017 revised.
Papers
No.
Times Cited
(Sep. 14, 2017)



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(Only peer reviewed in English are presented), Google scholar

Books
井上 潤.2009. 古代魚の進化を探る. 海洋生命系のダイナミクス1:海洋の生命史.西田睦編. 第 6 章.(pp. 102-121).
井上 潤,宮正樹.2001. ウナギ属 Anguilla の進化的起源. 海洋と生物. 133: 153-159.

Presentations (International)
Inoue, J., Satoh, N. A Genomic survey of muscle structural proteins that enabled the rise of chordates. Society for Molecular Biology and Evolution Conference 2016. Gold Coast, Australia (July, 2016).
Inoue, J., Sato, Y., Sinclair, R., Nishida, M. Identification of phylogenetic marker gene considering whole genome duplication and species tree. Introduction to the analysis of molecular evolution in the genomic era. Shanghai (November, 2015).

Inoue J., Sato, Y., Sinclair, R., Nishida, M. Selecting molecular markers from transcriptome data for fish phylogenetics. Workshop on Methods for Biodiversity Research, Shanghai (March, 2014).

Inoue, J., Donoghue, P.C.J., Yang, Z. The impact of the representation of fossil calibration on Bayesian estimation of species divergence times. Evolution 2009, Moscow (June, 2009).
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Lavoue S., Miya, M., Inoue J.G., Saitoh, K., Ishiguro, N. B., Nishida, M. Molecular phylogeny of the Clupeiformes (Teleostei) inferred from whole mitogenome sequences. ASIH Annual Meetings, Tampa (July, 2005).
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Inoue, J.G., M. Miya, K. Tsukamoto, and M. Nishida. Gene rearrangements in the mitochondrial genomes of the order Anguilliformes (Teleostei: Elopomorpha): phylogenetic implication for the interfamilial relationships. International Symposium on Diversity of Fishes, National Science Museum, Tokyo (February, 2000).

Presentations (Domestic)
井上 潤ウナギの起源と進化.Eel Planet.日本大学 (2016 年 12 月).
井上 潤,佐藤 行人,シンクレア ロバート,塚本 勝巳,西田 睦全ゲノム重複と種の系統樹を考慮した系統解析マーカ遺伝子の選定.日本進化学会年会「夏の学校」.中央大学 (2015 年 8 月).
井上 潤,佐藤 行人,西田 睦脊椎動物 3 億年のゲノム進化:ゲノム重複に由来する遺伝子の保持と進化に寄与した自然選択項の検出.日本進化学会年会.筑波大学 (2013 年 9 月).
井上 潤.真骨魚類ゲノムの進化特性: トランスクリプトーム相同遺伝子データベースの構築.日本進化学会年会.首都大学東京 (2012 年 8 月).
山崎 彩.井上 潤.宗原弘幸気候変動・分岐年代より推定するツマグロカジカ属の適応放散.日本進化学会年会.首都大学東京 (2012 年 8 月).

Jun Inoue, Donoghue, P.C.J., Yang, Z. 化石制約がベイズ年代推定に及ぼす影響.日本進化学会年会.東京工業大学.(2010 年 9 月).

Davin H. E. SETIAMARGA, 宮 正樹, 山野上 祐介, 馬渕 浩司, 佐藤 崇, 井上 潤, 西田 睦. ミトコンドリアゲノム全塩基配列に基づくトウゴロウイワシ系魚類の分子系統.日本魚類学会年会.愛媛大学 (2008 年 9 月).
馬 涛,青山 潤,MILLER Michael J.,峰岸 有紀,井上 潤,塚本 勝巳.インド-太平洋におけるUroconger (Congridae)の遺伝的分化.日本魚類学会年会.北海道大学 (2007 年 10 月).
若畑 勇人,淀 太我,井上 潤,吉谷 圭介,北川 えみ,北川 忠生.三重県七色貯水池のオオクチバス2亜種混生集団の遺伝解析.日本魚類学会年会,静岡県コンベンションアーツセンター グランシップ,(2006 年 10 月).
白井 滋,井上 潤,宮 正樹,西田 睦.ミトゲノム解析による現生板鰓類の系統類縁関係推定.日本魚類学会年会,静岡県コンベンションアーツセンター グランシップ,(2006 年 10 月).
井上 潤.ミトコンドリアゲノム全長解析に基づく下位条鰭類の系統解析と分岐年代推定.日本魚類学会年会,静岡県コンベンションアーツセンター グランシップ,(2006 年 10 月).
井上 潤.African and Asian coelacanths: An evolutionary history of the extant two species estimated from complete mitochondrial genome sequences.日本進化学会 2006 年大会,国立オリンピック記念青少年総合センター,(2006 年 8 月).
Lavoue S., Miya, M., Inoue J.G., Saitoh, K., Ishiguro, N. B., Nishida, M. Molecular systematics of the gonorynchiform fishes (Teleostei) based on whole mitogenome sequences. 日本魚類学会年会,琉球大学 (2004 年 9 月).
宮 正樹,井上 潤,石黒 直哉,武島 弘彦,佐藤 崇,馬渕 浩司,向井 貴彦, 鈴木 伸明,東 陽一郎,中谷 将典,山野上 祐介,中山 耕至,柳下 直己,白井 滋,斎藤 憲治,遠藤 広光,櫻井 博,西田 睦.条鰭類の大系統:350 種から得られたミトゲノム全長配列に基づく予備的解析その 1.日本魚類学会年会,京都大学,(2003 年 10 月).
井上 潤,宮 正樹,塚本 勝巳,西田 睦.深海魚フウセンウナギ類のミトコンドリアゲノムにおける大規模な遺伝子配置変動.日本進化学会福岡大会,九州大学,(2003 年 8 月).
宮 正樹,白井 滋,井上 潤,石黒 直哉,武島 弘彦,佐藤 崇,馬渕 浩司,向井 貴彦,鈴木 伸明,東 陽一郎,中谷 将典,山野上 祐介,中山 耕至,柳下 直己,斎藤 憲治,遠藤 広光,櫻井 博,西田 睦.ミトコンドリアゲノム全塩基配列に基づく "スズキ類" の大系統.魚類学会年会,信州大学,(2002 年 10月).
井上 潤,宮 正樹,塚本 勝巳,西田 睦.ミトコンドリアゲノム全塩基配列に基づく古代魚の系統解析.魚類学会年会,信州大学,(2002 年 10月).
井上 潤,宮 正樹,塚本 勝巳,西田 睦.ミトコンドリアゲノム全塩基配列データにもとづく古代魚の系統解析.分子生物学会年会,パシフィコ横浜,(2001 年 12 月).
井上 潤,宮 正樹,塚本 勝巳,西田 睦.ミトコンドリアゲノミクスによるカライワシ類の系統解析とレプトケファルス幼生の起源.魚類学会年会,鹿児島大学,(2001 年 10 月).
井上 潤,宮 正樹,塚本 勝巳,西田 睦.魚類のミトゲノミクス- VI:下位真骨類の系統.魚類学会年会,生命の星・地球博物館,(2000 年 10 月).
井上 潤,宮 正樹,塚本 勝巳,西田 睦.魚類のミトコンドリア・ゲノミクス- II::ウナギ目内部における顕著な遺伝子配置の変動と系統との関係.魚類学会年会,九州大学,(1999 年 10月).
井上 潤,西田 睦,塚本 勝巳.ウナギ目魚類における mtDNA 遺伝子配置の変動:系統推定マーカーとしての検討.日本水産学会春期大会,東京水産大学,(1999 年 4 月).
井上 潤,西田 睦,石川 智士,青山 潤,塚本 勝巳.mtDNA 12S rRNA および cyt b 遺伝子データによるウナギ目魚類の系統解析.日本水産学会秋季大会,広島大学,(1997 年 9 月).
井上 潤,西田 睦,石川 智士,青山 潤,塚本 勝巳.ウナギ目魚類の系統解析:12S rRNA 遺伝子データの有効性の検討.日本水産学会春季大会,東京水産大学,(1997 年 4 月).

Proceedings
Tsuchida, S., H. Yamaguchi, J.G.Inoue, A. Shinoda, M., Aoki, N. Togashi, A. So, Y. Matsuura, A. Shiraishi, S. Araki, T. Sugiyama. 2003. Distribution of anguilliform fishes on five seamounts in Mariana Area. JAMSTEC Journal of Deep Sear Research, 23 69-76.
井上 潤・宮 正樹. 2001. ウナギ属 Anguilla の進化的起源.海洋と生物, 133: 153-159.
Ishikawa, S., T. Otake, N. Mochioka, Y.Suzuki, J. Aoyama, S. Watanabe, T. Yoshinaga, J. G. Inoue, A. Shinoda, and T. Miyai. 2000. Sampling of Anguilla japonica eggs around Seamounts area. Preliminary Report of the Hakuho Maru Cruise KH 98-2, 40-44.
Otake, T., N. Mochioka, S. Ishikawa, Y. Suzuki, S. Watanabe, M. Oya, T. Yoshinaga, J. G. Inoue, A. Shinoda, T. Miyai, T. Utou, H. Matsuura, Y. Kurata, T. Yoshida, P. M. Lokman, A. Torii, H. Katayama, T. W. Lee, and K. Fujii. 2000. Distribution of Anguilla japonica leptocephali around Arakane and Pathfinder Seamounts. Preliminary Report of the Hakuho Maru Cruise KH 98-2, 45-47.

Dissertations
2001年 3月 29日 ミトコンドリアゲノム分析に基づくカライワシ類 (Elopomorpha) の系統に関する研究. 東京大学博士論文.博農第 2252 号
1998年 3月 30日 ウナギ目魚類の進化に関する分子系統学的研究. 東京大学修士論文.修農第 3784 号

External funds
2015 年 科研究費補助金 基盤研究(C) 
「脊椎動物の全ゲノム比較解析を可能にする統合オーソログ判定パイプラインの構築」
Grant-in-Aid for Scientific Research (C) (General)
“Development of an integrated pipeline of ortholog identification for comparative genome analysis of vertebrates”
2012 年 科研究費補助金 若手研究(B) 
「核ゲノムデータを用いた条鰭類の系統解析に向けて:相同遺伝子選定パイプラインの構築」
Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
“Phylogenetic analysis of ray-finned fish using genome-wide data: development of identification pipeline for homologous genes”
2005 年 日本学術振興会 海外特別研究員・研究活動費
「脊椎動物ミトコンドリアゲノムの新たな分子進化モデル開発: より正確な系統推定の試み」
2003 年 日本学術振興会 特別研究員・特別研究員奨励費
「ミトゲノミクスに基づく下位条鰭類大分類群の再考」

Honors
2016 年 8月 27日 日本進化学会・研究奨励賞
「魚類の系統進化とゲノム進化」
2014 年 10月 3日 ライフサイエンス統合データベースセンター,オープン・サイエンス・アワード,ウェブサイト部門 (3位)
2011年 7月 30日 
 
日本進化学会・教育啓蒙賞
「ホームページ(http://www.geocities.jp/ancientfishtree)を通じた広範な情報発信」
2006 年 10月 8日 日本魚類学会・奨励賞 
「ミトコンドリアゲノム全長配列に基づく下位条鰭類の系統解析と分岐年代推定」

Lectures
2016 年〜 分子進化・系統解析の方法:実演と実習.ゲノム多様性ワークショップ.北海道大学Web.(2.0 時間).
2013 年〜 Bayesian estimation of divergence time. Summer School on “Computational Biology Based on Tree of Life: Methods and Applications” held at Fudan University, Shanghai. Contents (3 hours).
2010 年〜 分岐年代のベイズ推定.農林交流センターセミナー・ワークショップ.Web. 講義内容 (1.5 時間).