Trimmomatic

2013 年 11 月 25日 改訂

Trimmomatic は NGS から得られたゲノムデータを,アッセンブルする前に整える (trim する) ソフトウェアです.
  Q20 といったオプションにより,read の両端にあるクオリティーの低い配列を取り除いてくれます.さらに,この処理によって短くなった read を取り除くことも可能です.アダプター配列も取り除いてくれるようです.インストールすると,メーカごとのアダプター配列保存されたディレクトリが作成されるようです.
  Java のプログラムです.Work station にインストールして使っています.
 得られた配列のクオリティは,FastQC で見ると良いそうです.


このページは主に OIST に所属する研究者の方から教えていただいた情報をもとに作成しています.皆さんのご協力に感謝します.